Agencijom upravlja Upravno vijeće koje ima predsjednika i šest članova.

Predsjednika i pet članova Upravnog vijeća imenuje i razrješava Vlada Republike Hrvatske i to:

– predsjednika i tri člana na prijedlog ministra nadležnog za obrazovanje (u daljnjem tekstu: ministar) i

– dva člana, od kojih je jedan predstavnik sindikata, a jedan predstavnik poslodavaca, na prijedlog Gospodarsko-socijalnog vijeća.

Jednog člana Upravnog vijeća imenuje i razrješava Agencija iz reda svojih zaposlenika.

Mandat članova Upravnog vijeća traje četiri godine od dana konstituiranja, s pravom ponovnog imenovanja.